Da quando, nel 1425, Bettona fu concessa dal Papa ai Baglioni di Perugia,  il Palazzo divenne  dimora della nobile ed antica famiglia  che  vede le sue origini intorno all’anno Mille ed è stata senz’altro la più illustre e potente del territorio perugino. Imparentata con le importanti famiglie degli Sforza, dei Colonna, dei Vitelli ed a lungo alleata con i Medici di Firenze fu famiglia di condottieri e valenti capitani.

In verità, essendosi i Bettonesi opposti alla disposizione papale, solo nel 1439 la cittadina fu sottomessa  con la forza alla famiglia perugina.

Nel 1516 Bettona fu  proclamata contea dei Baglioni. Il primo conte fu  Gian Paolo, l’unico scampato alla congiura delle “nozze rosse” e che, per i servizi resi e per l’estinzione di un debito di diecimila scudi contratto dai Pontefici, ebbe da Leone X il titolo.

Bettona  era  capoluogo dello Stato nuovo dei Baglioni, di cui facevano parte Collemancio, Limigiano, Collazzone, Pomonte, Castelleone, Canalicchio, Deruta e Torgiano oltre a numerosi castelli tra cui quello di Rosciano, mentre Spello  era capoluogo dello Stato vecchio dei Baglioni.

Da Bettona i conti emanavano decreti, approvavano gli statuti, mantenevano l’ordine, esercitavano la giustizia talvolta in modo assai rigoroso. Lo Stato era governato per i Baglioni da un Luogotenente Generale coadiuvato da alcuni ufficiali, Bargello e Corte di giustizia.

In ogni paese risiedeva un Podestà ordinario, forestiero ed in carica per sei mesi. Bettona era la sede dell’Auditore, del Cancelliere criminale e del fiscale. In queste terre i Baglioni reclutavano soldati ed a Bettona la Compagnia della Battaglia era composta da trecento fanti, tutta gente giovane, scelta e ben addestrata.

Mutati i rapporti tra il Papa ed i Baglioni Gian Paolo nel 1520 venne imprigionato a Castel S.Angelo e decapitato. In seguito a Palazzo si rifugiò e morì, nel 1531, Malatesta IV Baglioni secondo conte di Bettona, reduce dalla difesa di Firenze.

Dopo la morte di Malatesta la proprietà passò al giovane figlio Rodolfo II (1518/1554) poi al figlio Gian Paolo (1522/1608) per finire con Malatesta V (1580/1648) vescovo di Pesaro e di Assisi, quarto ed ultimo conte di Bettona. Il palazzo divenne  successivamente  proprietà dei conti Fiume per poi diventare caserma dei Carabinieri e sede di una Cassa di Risparmio.

Oggi rinasce all’antico splendore grazie ad un sapiente restauro.