Nel 1531, Malatesta IV Baglioni, secondo conte di Bettona, figlio di Gian Paolo  e nipote di Astorre, Gentile e Morgante,  reduce dalla difesa di Firenze si rifugia a Bettona ove muore la vigilia di Natale. Malatesta è stato Comandante Supremo delle truppe fiorentine assediate dall’esercito di Carlo V che voleva riconsegnare la città alla famiglia dei Medici. Nel 1529 aveva lasciato Perugia alla volta di Firenze.

Con Morgante Baglioni ed il fedele Cencio Guercio prende la via di Preggio e della val di Pierla e perviene a Cortona ed Arezzo con 3000 fanti, tocca Montevarchi, Figline Valdarno e Firenze. Concentra le sue forze nel capoluogo; ai suoi ordini sono 7000 fanti esperti, 3000 ordinanze e 500 cavalli. L'esercito imperiale, al momento, è composto di 300 uomini d'arme, di 500 cavalli leggeri, di 2500 fanti tedeschi, di 2000 fanti spagnoli e di 6000 italiani. Inizia così l'assedio della città da parte dei Carlo V.

Nel dicembre dello stesso anno Malatesta viene eletto governatore generale al posto di Ercole d'Este mentre nel gennaio 1530 riceve il bastone del comando  in una solenne cerimonia svoltasi nella piazza dei Signori. Nei primi mesi di questo anno le sorti non sono favorevoli ai fiorentini che vedono trasformarsi le sordite contro i nemici in disfatte.

Il Baglioni, memore dello scempio effettuato tre anni prima nel saccheggio di Roma, inizia ad adoperarsi in tutti i modi per evitare la medesima sorte a Firenze oramai giunta alla fine della resistenza contro un esercito molto più numeroso e potente.

A varie riprese allora Malatesta manda Cencio Guercio nel campo imperiale per trovare un compromesso fra le parti. Il Baglioni vuole spingere i fiorentini alla pace.
L’impegno del Comandante Supremo viene lodato dal popolo fiorentino e dal governo della città ma è tacciato di tradimento dalla parte fondamentalista rappresentata da alcune famiglie nobili che si oppongono al rientro dei Medici  e che vedono nella resa operata da Malatesta uno scambio con papa Clemente VII Medici per il mantenimento del dominio del Baglioni su Perugia.

Con varie azioni anche violente si fa raggiungere dai partigiani dei Medici e gli viene dato l'incarico di negoziare la capitolazione con l'inviato del papa Baccio Valori. Clemente VII, dopo pochi giorni, gli intima di abbandonare Firenze con le sue truppe; il Baglioni allora si allontana dalla città con molto denaro e 12 pezzi di artiglieria avuti in dono dal nuovo stato.

Durante la marcia i suoi uomini saccheggiano i territori di San Casciano, Poggibonsi e Staggia. Rientra a Perugia e vi fa subito uccidere un rivale politico. Malatesta è accolto da trionfatore ma successivamente l’ostracismo del legato ponteficio che favorisce il partito di Braccio Baglioni, da sempre suo avversario per il dominio della città,  lo costrinse a rifugiarsi a Bettona.